ปี พ.ศ. 2548 เปิดอาคารกีฬาเอนกประสงค์ (โรงยิม) เพื่อให้บริการแก่บุคลากร ผู้ป่วยและบุคคลภายนอก (แทนอาคารศัลยกรรมเก่า) และได้ผ่านการรับรองการพัฒนาคุณภาพ บันไดขั้นที่ 1 สู่ HAในวันที่ 20 มกราคม พ.ศ. 2548
ปี พ.ศ. 2550 ได้ดำเนินการทุบอาคาร OPD เก่ารวมทั้งห้อง Lab ทั้งหมด (3 ชั้น) และตึก 8 (2 ชั้น) เพื่อเริ่มดำเนินการก่อสร้างอาคารสถาบันโรคหัวใจ (แห่งชาติ) และจัดพิธีวางศิลาฤกษ์อาคาร เมื่อวันที่ 31 มกราคม 2551
ปี พ.ศ. 2551 สถาบันโรคทรวงอกได้ผ่านการรับรองการพัฒนาคุณภาพ บันไดขั้นที่ 2 สู่ HA ในวันที่ 12 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2551 และในเดือนมีนาคม เนื่องจากจำนวนผู้มารับบริการของสถาบันที่เพิ่มขึ้นทุกปี ทำให้สถานที่จอดรถ ไม่เพียงพอ สถาบันโรคทรวงอกจึงได้ซื้อที่ด้านข้างสถาบันเพิ่มเติม เพื่ออำนวย ความสะดวกแก่ผู้มารับบริการ ในปีเดียวกันนายแพทย์ประดิษฐ์ชัย ชัยเสรี ผู้อำนวยการสถาบันโรคทรวงอก (คนที่ 12) ได้ริเริ่มจัดตั้งชมรมเครือข่าย
