จากความก้าวหน้าทางการแพทย์ มีการค้นพบยาใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงในการรักษาวัณโรคทำให้ผู้ป่วยสามารถทุเลาขึ้นในเวลารวดเร็ว ส่วนมากผู้ป่วยที่ทุเลาขึ้นเหล่านั้น จะต้องไปพักฟื้นที่บ้าน โดยแพทย์สั่งยาไปรับประทาน หนึ่งเดือนบ้าง สามเดือนบ้าง และผู้ป่วยเหล่านั้นจะต้องกลับมาตรวจอีกตามนัด อย่างไรก็ตามทางโรงพยาบาลยังมีปัญหาเกี่ยวกับการจำหน่ายพระภิกษุและสามเณรที่ทุเลาจากโรค ให้ไปพักที่วัด พระภิกษุและสามเณรส่วนมากมีความลำบากในการเดินทางไปและกลับมาตรวจอีก เพราะวัดอยู่ในจังหวัดไกลๆ ปัจจัยมีไม่พอบางรูปจะไม่กลับมารับการตรวจอีก ซึ่งจะทำให้โรคไม่หายขาด เพื่อแก้ปัญหานี้ทางกองโรงพยาบาลวัณโรคได้ติดต่อกับ “วัดลานนาบุญ” ถนนกรุงเทพฯ-นนทบุรี เพื่อขอสร้างอาคาร 5 หลัง จุผู้ป่วย 10 รูป เพื่อพักฟื้นเมื่อผู้ป่วยเหล่านั้นหายดีแล้วก็จะกลับภูมิลำเนาเดิมต่อไป ในที่สุดทำให้การรักษาผู้ป่วยไม่จำเป็นต้องอยู่ในโรงพยาบาลอีก
ในปี พ.ศ. 2494 นายแพทย์สมบุญ ผ่องอักษร ซึ่งได้ศึกษาอยู่ในประเทศสหรัฐอเมริกา ในระหว่างสงคราม ได้เสนอแผนการควบคุมวัณโรคทั่วประเทศ โดยมีหลักการวินิจฉัย รักษา ค้นหาผู้ป่วย รวมทั้งฉีดวัคซีน และให้โรงพยาบาลวัณโรค ประสานกับสถานตรวจโรคปอดยศเส รับผิดชอบเรื่องการควบคุมวัณโรคทั้งหมด
1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2494 ได้มีการโอน “กองโรงพยาบาลวัณโรค” สังกัดกรมการแพทย์ เป็น “กองโรงพยาบาลวัณโรค” สังกัดกรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข ซึ่งมีหลักการนโยบายสนับสนุนงานของกองควบคุมวัณโรค สถานตรวจโรคปอดที่ยศเส เป็นส่วนใหญ่
ในปี พ.ศ. 2495 ได้เริ่มโครงการศัลยกรรมทรวงอก โดยได้รับการช่วยเหลือจากองค์การต่างประเทศ คือ องค์การอนามัยโลก (W.H.O.) กองทุนสงเคราะห์เด็กแห่งสหประชาชาติ และองค์การบริหารวิเทศกิจแห่งสหรัฐอเมริกา ส่งผู้เชี่ยวชาญในแขนงศัลยกรรมทรวงอก แขนงดมยาสลบเพื่อผ่าตัดทรวงอกและแขนงวิชาวัณโรคและโรคปอดอื่นๆ มาช่วยสอนและฝึกฝนแพทย์ พยาบาล และเจ้าหน้าที่ของโรงพยาบาล จนทำให้กิจการของโรงพยาบาลในระยะนี้ก้าวหน้าไปมาก การรักษาวัณโรคในระยะนี้ได้เริ่มมีการใช้ยารักษาวัณโรคโดยเฉพาะขึ้นแล้ว แต่ยังคงใช้วิธีอื่นๆ ร่วมด้วย เช่น การอัดลมเข้าช่องอก และช่องท้อง เป็นต้น และในรายที่เหมาะสมก็ได้ใช้วิธีผ่าตัดปอดมาช่วย ซึ่งขณะนั้นได้มีศัลยแพทย์วิลสัน วิสัญญีแพทย์โฮลเดอร์ (HOUSE HOLDER) ศาสตราจารย์นายแพทย์เฟื่อง สัตย์สงวน และแพทย์โรงพยาบาลวัณโรค ได้ทำผ่าตัด LOBECTOMY เป็นรายแรก และนอกจากนี้ในการผ่าตัดปอดบางรายมีศัลยแพทย์และวิสัญญีแพทย์จากโรงพยาบาลศิริราช ร่วมทำการผ่าตัดด้วยที่กองโรงพยาบาลวัณโรค
ปัญหาสำคัญที่เป็นอุปสรรคมาโดยตลอดนับแต่ก่อตั้งโรงพยาบาลมาก็คือ การขาดแคลนพยาบาลในการดูแลผู้ป่วยเพราะวัณโรคเป็นโรคที่สมัยนั้นเชื่อกันว่าเป็นโรคที่น่ารังเกียจอันตราย และติดต่อง่าย ผู้ที่อยู่ใกล้ชิดเสี่ยงต่อการติดโรคมาก ทำให้ไม่ค่อยมีพยาบาลสมัครใจมาทำงานในโรงพยาบาลนี้ เพื่อแก้ปัญหานี้ ในปี พ.ศ. 2499 โรงพยาบาลจึงได้จัดตั้งโรงเรียนผู้ช่วยพยาบาล หลักสูตร 1 ปี หลังจากจบมัธยม 6 ในสมัยนั้นขึ้น และโรงเรียนผู้ช่วยพยาบาลแห่งนี้ก็ได้ผลิตเจ้าหน้าที่พยาบาลให้กับทางโรงพยาบาล และหน่วยงานต่างๆ ของกระทรวงสาธารณสุข รวมทั้งหน่วยงานอื่นๆ มาโดยตลอด จนกระทั่งปี พ.ศ. 2524 จึงได้เปลี่ยนหลักสูตรเป็นหลักสูตรพยาบาลและผดุงครรภ์ระดับต้น
