พ.ศ. 2540 ยุบงานบริการผู้ป่วยนอกทางกุมารเวชกรรม และได้จัดตั้งงานศูนย์เปลขึ้นเพื่อให้การบริหารจัดการในการให้บริการเคลื่อนย้ายผู้ป่วยมีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น
พ.ศ. 2541 เปิดให้บริการคลินิกนอกเวลาราชการ รวมทั้งได้ก่อสร้างอาคารจอดรถ 8 ชั้น (ในพื้นที่อาคารช่างไม้เดิม) เพื่อเป็นที่จอดรถสำหรับผู้มารับบริการและบุคลากรของโรงพยาบาลโรคทรวงอก
พ.ศ. 2542 เปิดอาคารรดน้ำศพ “ศาลาปทุมรัตน์” เพื่อใช้ประกอบพิธีและดำเนินการเกี่ยวกับผู้ป่วยที่เสียชีวิตบริจาคโดยคุณปทุม มณีปานรัตน์
พ.ศ. 2543 เปิดอาคารเฉลิมพระเกียรติ กาญจนาภิเษก (10 ชั้น) เป็นอาคารอำนวยการและหอผู้ป่วยทดแทนอาคารตึกอำนวยการเดิม และในวันที่ 30 มีนาคม 2543 ได้เริ่มประกาศใช้ระบบคุณภาพ (ISO 9002) อย่างเป็นทางการ และใช้ชื่อโรงพยาบาลโรคทรวงอก ในภาษาอังกฤษว่า Central Chest Hospital (CCH)
