พ.ศ. 2533 เริ่มมีการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้าน สาขาอายุรศาสตร์โรคหัวใจ
พ.ศ. 2534 เปิดอาคารชำนาญ เพ็ญชาติ เป็นอาคารคลังเลือดและห้องประชุมใหญ่ และในปีเดียวกันโรงพยาบาลโรคทรวงอก ได้จัดงานฉลองครบรอบ 50 ปี เมื่อวันที่ 22-28 มิถุนายน 2534
พ.ศ. 2535 บริการรักษาโรคหัวใจเต้นผิดปกติด้วยคลื่นวิทยุความถี่สูง (Radio Frequency Ablation)
พ.ศ. 2537 เริ่มการผ่าตัดเปลี่ยนหัวใจและปอด (Heart Transplant) งานทันตกรรม เริ่มมีการให้บริการด้านศัลยกรรมช่องปาก งานเวชระเบียนและสถิติเริ่มนำระบบคอมพิวเตอร์มาประยุกต์ใช้ในงานบริการผู้ป่วยนอก
พ.ศ. 2538 บริการเอกซเรย์คอมพิวเตอร์ทั่วไป (CT) และเอกซเรย์คอมพิวเตอร์ดูเนื้อปอด (High resolution CT) บริการเอกซเรย์ปอดระบบเปลี่ยนฟิล์มล้างฟิล์มอัตโนมัติ และบริการเจาะดูดชิ้นเนื้อเพื่อวินิจฉัยโรค (Fine Needle Aspiration หรือ FNA)
พ.ศ. 2539 เปิดอาคารเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระบรมราชินีนาถในรัชกาลที่ 9 ตึก 2 (5 ชั้น) ทดแทนอาคารผู้ป่วยเดิมที่ชำรุดทรุดโทรม ประกอบด้วย ตึก 2 , ตึก 3 และตึก 4