ปลายปี พ.ศ. 2487 หลังจากสงครามยุติแล้วการคมนาคมต่างๆ สะดวกขึ้นเล็กน้อย กรมทางได้เอายาง แอสฟัสท์มาราดถนนหน้าโรงพยาบาล ประชาชนที่สงสัยว่าตนเองจะเป็นวัณโรคเริ่มเดินทางมารับการตรวจและรักษาในโรงพยาบาลมากขึ้น ผู้ป่วยที่รับไว้รักษาในโรงพยาบาลส่วนใหญ่จะต้องอยู่ในโรงพยาบาลนาน เพราะปอดยังไม่ปลอดเชื้อ ด้วยเหตุนี้จึงเกิดปัญหาผู้ป่วยล้นเตียง ทางโรงพยาบาลได้แก้ปัญหาเฉพาะหน้าชั่วคราว โดยแบ่งตึกอำนวยการครึ่งหนึ่งเป็นที่พักผู้ป่วยทุเลาแล้ว ส่วนชั้นล่างของตึกอำนวยการใช้เป็นที่ตรวจผู้ป่วยภายนอก
วันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2488 ได้มีการเปลี่ยนกรมสาธารณสุขเป็น กระทรวงสาธารณสุข และโอนงาน “โรงพยาบาลวัณโรคกลาง” เป็น “กองโรงพยาบาลวัณโรค” สังกัดกรมการแพทย์ ในช่วงนี้ปัญหาเตียงไม่พอรับผู้ป่วยยังมีอยู่ ทั้งนี้รวมทั้งพระภิกษุและสามเณรที่อาพาธแต่ไม่มีที่พัก ปัญหาเหล่านี้ได้ทรงทราบถึงพระเนตรพระกรรณของ พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหาอานันทมหิดลฯ ซึ่งขณะนั้นพระองค์ท่านประทับอยู่ในประเทศไทย จึงมีรับสั่งให้ราชเลขานุการในพระองค์สั่งจ่ายพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์จำนวน 250,258 บาท 94 สตางค์ เพื่อขยายกิจการเพิ่มเติมในการก่อสร้างเมื่อวันที่ 10 มกราคม พ.ศ. 2489 เพื่อให้เกิดประโยชน์ในการรักษาพยาบาลผู้ป่วยให้ถาวรยิ่งขึ้น ฯพณฯ จอมพล ป.พิบูลสงคราม รับสนองพระบรมราชโองการและมอบให้ พลตำรวจเอกอดุล อดุลเดชจรัส รัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข รีบดำเนินการทันที ในการพระราชทานทรัพย์ส่วนพระองค์ในครั้งนี้ สมเด็จพระอนุชาได้ทรงมีพระศรัทธาโปรดให้มีการเลหลังรูปภาพและเครื่องเล่น ซึ่งเป็นฝีพระหัตถ์ของพระองค์เอง
วันที่ 5 พฤศจิกายน พ.ศ. 2489 การก่อสร้างตึกได้เริ่มขึ้น เหตุที่ก่อสร้างช้านั้นปรากฏตามบันทึกของโรงพยาบาลว่า “ขณะนั้นเป็นเวลาที่สงครามเพิ่งจะยุติลงใหม่ เครื่องอุปกรณ์การก่อสร้างต่างๆ ยังมีราคาแพงมาก จึงได้รั้งรอการก่อสร้างอยู่ระยะหนึ่ง โดยหวังว่าสิ่งของต่างๆ จะมีราคาถูกลงซึ่งจะทำให้ได้อาคาร 2 ชั้น พอจุผู้ป่วยได้ 50 คน แต่ก็เป็นการผิดความคาดหมาย เพราะเครื่องอุปกรณ์การก่อสร้างต่างๆ กลับมีราคาแพงขึ้นจึงจำเป็นต้องรีบทำการก่อสร้าง” ทางกระทรวงสาธารณสุขได้ขอให้ หม่อมหลวงโสภิต นพวงศ์ นายช่างหัวหน้ากองเคหะสถานสงเคราะห์ กรมประชาสงเคราะห์ ออกแบบและควบคุมการก่อสร้างตึกผู้ป่วย ชั้นเดียว จุ 26 เตียง โดยก่อสร้าง เป็นตึกชนิดคอนกรีต เสริมเหล็ก ซึ่งวางรากเตรียมไว้ต่อเป็นตึกสองชั้นในวันหน้า ภายในตึกนอกจากห้องโถงสำหรับวางเตียงแล้วยังแบ่งเป็น ห้องน้ำ ห้องส้วม ห้องเก็บยา ห้องทำงานพยาบาล ห้องทำงานนายแพทย์รวมอยู่ด้วย นอกจากนี้ยังได้ทำการก่อสร้าง บ้านพักแพทย์หนึ่งหลัง ห้องแถวพยาบาลพัก 6 ห้องหนึ่งหลัง กับขยายครัวไฟ ห้องเก็บเชื้อเพลิง และอ่างน้ำคอนกรีตร่วมด้วย ในการก่อสร้างครั้งนั้น บริษัทเลาห์เรณู จำกัด ประมูลได้และได้ก่อสร้างเสร็จ เมื่อวันที่ 5 กันยายน พ.ศ. 2490 หลังจากที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวอานันทมหิดลเสด็จสวรรคตแล้ว ทางกระทรวงสาธารณสุข ได้นำความกราบบังคมทูลพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชทรงทราบ ซึ่งขณะนั้นพระองค์ท่านประทับอยู่ ณ ประเทศสวิสเซอร์แลนด์ ขอพระราชทานนามตึก ซึ่งได้พระราชทานนามเฉพาะอาคารผู้ป่วยว่า “อานันทสถาน” และได้ทรงโปรดให้ประธานคณะผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ คือ กรมพระยาชัยนาทนเรนทร เสด็จแทนพระองค์มาทำพิธีเปิดตึกเมื่อวันที่ 20 กันยายน พ.ศ. 2490 อันเป็นวันคล้ายวันพระราชสมภพแห่งพระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหาอานันทมหิดล นับว่าอาคารหลังนี้มีคุณค่าทางประวัติศาสตร์เป็นพิเศษอย่างยิ่ง ซึ่งโรงพยาบาลได้ใช้รับผู้ป่วยประเภทสามัญส่วนใหญ่เป็นวัณโรค
ในระยะต่อมาได้มีพระภิกษุอาพาธด้วยวัณโรคปอดเพิ่มมากขึ้น ทางกองโรงพยาบาลฯ ได้พิจารณากำหนดให้ตึก “อานันทสถาน” เป็นที่รับเฉพาะพระภิกษุและสามเณรตลอดไป ประกอบกับทางโรงพยาบาลสงฆ์ ถนนราชวิถี มีนโยบายไม่รับพระภิกษุและสามเณรที่อาพาธด้วยวัณโรค จึงโอนพระภิกษุและสามเณรที่อาพาธด้วยโรคดังกล่าวมาเข้ารักษาที่กองโรงพยาบาลวัณโรคตั้งแต่นั้นมา
